refactor: 项目目录结构重组

- 中文目录名改为英文：cDNA图像处理实例→examples，参考资料→references
- web→app（Flask应用标准命名）
- 输出目录平移到 data/output/simple/ 和 data/output/full/
- 输入图像统一到 data/input/
- 构建脚本移到 scripts/
- 源码文件改用 snake_case 命名
- 更新所有文件路径引用和文档

.gitignore

@@ -8,6 +8,7 @@
 # Python
 __pycache__/
 *.pyc
+.venv/
 
 # OS
 .DS_Store
@@ -18,6 +19,7 @@ Thumbs.db
 
 # Flask
 .playwright-mcp/
+app/uploads/
 
 # PyInstaller 打包产物
 dist/