refactor: 项目目录结构重组

- 中文目录名改为英文：cDNA图像处理实例→examples，参考资料→references
- web→app（Flask应用标准命名）
- 输出目录平移到 data/output/simple/ 和 data/output/full/
- 输入图像统一到 data/input/
- 构建脚本移到 scripts/
- 源码文件改用 snake_case 命名
- 更新所有文件路径引用和文档

docs/cDNA 微阵列网格划分.md

@@ -102,9 +102,9 @@ plt.rcParams['axes.unicode_minus'] = False                         # 第 27 行
 ```python
 SCRIPT_DIR = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))    # 第 30 行
 BASE_DIR = os.path.dirname(SCRIPT_DIR)                      # 第 31 行
-DATA_DIR = os.path.join(BASE_DIR, 'cDNA图像处理实例',       # 第 32 行
+DATA_DIR = os.path.join(BASE_DIR, 'data', 'input')       # 第 32 行
                         '数据', 'cDNA')
-OUTPUT_DIR = os.path.join(BASE_DIR, 'results_simple')       # 第 33 行
+OUTPUT_DIR = os.path.join(BASE_DIR, 'data', 'output', 'simple')
 ```
 
 这 4 行在设置**相对路径常量**，保证脚本不管从哪个目录运行都能找到正确的文件。
@@ -116,14 +116,14 @@ OUTPUT_DIR = os.path.join(BASE_DIR, 'results_simple')       # 第 33 行
 | `os.path.dirname(...)`      | 去掉文件名，只留目录 | `D:/.../src`                         |
 | `SCRIPT_DIR`                | 脚本所在目录     | `.../src`                            |
 | `BASE_DIR`                  | 项目根目录（上级）  | `.../cDNA微阵列图像处理作业`                  |
-| `DATA_DIR`                  | 输入图像所在目录   | `.../cDNA图像处理实例/数据/cDNA`             |
-| `OUTPUT_DIR`                | 输出图像保存目录   | `.../results_simple`                 |
+| `DATA_DIR`                  | 输入图像所在目录   | `.../data/input`             |
+| `OUTPUT_DIR`                | 输出图像保存目录   | `.../data/output/simple`                 |
 |                             |            |                                      |
 
 `os.sep.join(A, B, C)` 会把 A、B、C 用系统的路径分隔符（Windows 是 `\`）拼起来：
 ```
-BASE_DIR + 'cDNA图像处理实例' + '数据' + 'cDNA'
-→ '.../cDNA微阵列图像处理作业/cDNA图像处理实例/数据/cDNA'
+BASE_DIR + 'data' + 'input'
+→ '.../cDNA微阵列图像处理作业/data/input'
 ```
 
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@@ -523,6 +523,6 @@ Python 的习惯写法。
 ## 课堂演示建议
 
 1. 先在 PPT 上展示算法步骤的 6 步流程图
-2. 投影曲线的图片可以直接从 `results_simple/gridding_simple.png` 截取
+2. 投影曲线的图片可以直接从 `data/output/simple/01_grid_overlay.png` 截取
 3. 重点讲清楚第 130~136 行"为什么从第一个 +→- 开始配对"，这是最容易出错的地方
 4. 如果有投影仪，可以现场改 `pct` 参数值（改成 0.05、0.20），让学生看到阈值怎么影响结果

docs/两版差异说明.md

@@ -8,7 +8,7 @@
 
 | | 功能 | 用途 |
 |---|---|---|
-| 简化版 | 只画网格线 | 课堂讲解 |
+| 简化版 | 只画网格线+逐格分割 | 课堂讲解 |
 | 原版 | 网格 + 去噪 + 分割 + 后处理 + 可视化 | 完整作业 |
 
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@@ -17,7 +17,7 @@
 
 ### 1. TV全变分去噪
 
-**位置**：`cDNA_segmentation.py` 第 78-102 行，`tv_denoise()`
+**位置**：`src/segmentation.py` 第 78-102 行，`tv_denoise()`
 
 **干什么**：对每个子块做 Chambolle 投影去噪，去除荧光噪点。简化版完全没有这一步。
 
@@ -25,7 +25,7 @@
 
 ### 2. 三种阈值分割
 
-**位置**：`cDNA_segmentation.py` 第 35-71 行
+**位置**：`src/segmentation.py` 第 35-71 行
 
 | 函数 | 原理 |
 |------|------|
@@ -37,7 +37,7 @@
 
 ### 3. 全图逐块分割
 
-**位置**：`cDNA_segmentation.py` 第 374-411 行
+**位置**：`src/segmentation.py` 第 397-434 行（逐块分割主循环）
 
 **做什么**：对网格划分出的每个子块：
 1. 如果太暗（均值<5或<30），先增强
@@ -50,7 +50,7 @@
 
 ### 4. 后处理
 
-**位置**：`cDNA_segmentation.py` 第 206-226 行
+**位置**：`src/segmentation.py` 第 206-249 行
 
 | 函数 | 作用 |
 |------|------|

docs/依赖库清单.md

@@ -9,7 +9,7 @@
 | **scikit-image** | 0.25.2 | `rgb2gray` 灰度转换、Otsu 阈值 | 全部 .py |
 | **matplotlib** | 3.10.8 | 可视化绘图（投影曲线、直方图、结果图） | 全部 .py |
 | **Pillow** | 12.1.1 | 读取图像文件（png/tif/jpg） | 全部 .py |
-| **Flask** | 3.1.2 | Web 后端 | web/app.py |
+| **Flask** | 3.1.2 | Web 后端 | app/main.py |
 
 ## 仅打包时需要的额外依赖
 
@@ -20,17 +20,17 @@
 ## 安装命令
 
 ```bash
-pip install numpy scipy scikit-image matplotlib Pillow flask
+uv pip install numpy scipy scikit-image matplotlib Pillow flask --python .venv/Scripts/python.exe
 ```
 
 如需打包：
 
 ```bash
-pip install pyinstaller
-python build_exe.py
+uv pip install pyinstaller --python .venv/Scripts/python.exe
+python scripts/build.py
 ```
 
 ## 版本兼容性
 
-以上版本为当前开发环境（Python 3.10，Anaconda `my_env`）实测版本。
+以上版本为当前开发环境（Python 3.13，uv 虚拟环境 `.venv/`）实测版本。
 其他相近版本通常兼容，无特殊版本锁定需求。