refactor: 项目目录结构重组

- 中文目录名改为英文：cDNA图像处理实例→examples，参考资料→references
- web→app（Flask应用标准命名）
- 输出目录平移到 data/output/simple/ 和 data/output/full/
- 输入图像统一到 data/input/
- 构建脚本移到 scripts/
- 源码文件改用 snake_case 命名
- 更新所有文件路径引用和文档

docs/依赖库清单.md

@@ -9,7 +9,7 @@
 | **scikit-image** | 0.25.2 | `rgb2gray` 灰度转换、Otsu 阈值 | 全部 .py |
 | **matplotlib** | 3.10.8 | 可视化绘图（投影曲线、直方图、结果图） | 全部 .py |
 | **Pillow** | 12.1.1 | 读取图像文件（png/tif/jpg） | 全部 .py |
-| **Flask** | 3.1.2 | Web 后端 | web/app.py |
+| **Flask** | 3.1.2 | Web 后端 | app/main.py |
 
 ## 仅打包时需要的额外依赖
 
@@ -20,17 +20,17 @@
 ## 安装命令
 
 ```bash
-pip install numpy scipy scikit-image matplotlib Pillow flask
+uv pip install numpy scipy scikit-image matplotlib Pillow flask --python .venv/Scripts/python.exe
 ```
 
 如需打包：
 
 ```bash
-pip install pyinstaller
-python build_exe.py
+uv pip install pyinstaller --python .venv/Scripts/python.exe
+python scripts/build.py
 ```
 
 ## 版本兼容性
 
-以上版本为当前开发环境（Python 3.10，Anaconda `my_env`）实测版本。
+以上版本为当前开发环境（Python 3.13，uv 虚拟环境 `.venv/`）实测版本。
 其他相近版本通常兼容，无特殊版本锁定需求。