refactor: 项目目录结构重组

- 中文目录名改为英文：cDNA图像处理实例→examples，参考资料→references
- web→app（Flask应用标准命名）
- 输出目录平移到 data/output/simple/ 和 data/output/full/
- 输入图像统一到 data/input/
- 构建脚本移到 scripts/
- 源码文件改用 snake_case 命名
- 更新所有文件路径引用和文档

references/matlab/redcolorcontour.m

@@ -0,0 +1,19 @@
+function  output=redcolorcontour(inputcolor,inputcontour)
+%%将轮廓图像bw中的1显示为红色，显示在彩色图像的对应位置
+%%
+
+[r,c]=size(inputcontour);
+% inputcolor
+
+for i=1:r
+    for j=1:c
+        if uint8(inputcontour(i,j))==255
+            inputcolor(i,j)=255;
+            inputcolor(i,j,2)=0;
+            inputcolor(i,j,3)=0;
+        end
+    end
+end
+output(:,:,1)=inputcolor(:,:,1);
+output(:,:,2)=inputcolor(:,:,2);
+output(:,:,3)=inputcolor(:,:,3);