refactor: 项目目录结构重组

- 中文目录名改为英文：cDNA图像处理实例→examples，参考资料→references
- web→app（Flask应用标准命名）
- 输出目录平移到 data/output/simple/ 和 data/output/full/
- 输入图像统一到 data/input/
- 构建脚本移到 scripts/
- 源码文件改用 snake_case 命名
- 更新所有文件路径引用和文档

scripts/build.py

@@ -0,0 +1,38 @@
+"""
+PyInstaller打包脚本
+运行: python scripts/build.py
+输出: dist/cDNA_Analyzer.exe
+"""
+
+import PyInstaller.__main__
+import os
+
+PyInstaller.__main__.run([
+    'app/launcher.py',
+    '--name=cDNA_Analyzer',
+    '--onefile',
+    '--noconsole',
+    '--add-data', f'app/templates;templates',
+    '--add-data', f'app/static;static',
+    # 排除不相关的重量级包（环境里有torch/pandas等）
+    '--exclude-module', 'torch',
+    '--exclude-module', 'torchvision',
+    '--exclude-module', 'torchaudio',
+    '--exclude-module', 'pandas',
+    '--exclude-module', 'sklearn',
+    '--exclude-module', 'sqlalchemy',
+    '--exclude-module', 'pygame',
+    '--exclude-module', 'zmq',
+    '--exclude-module', 'IPython',
+    '--exclude-module', 'jedi',
+    '--exclude-module', 'numba',
+    '--exclude-module', 'llvmlite',
+    '--exclude-module', 'onnxruntime',
+    '--exclude-module', 'lxml',
+    '--exclude-module', 'cryptography',
+    '--exclude-module', 'bcrypt',
+    '--exclude-module', 'pygments',
+    '--clean',
+    '--noconfirm',
+])
+print('\n完成！exe 在 dist/cDNA_Analyzer.exe')